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木下 フローラ聖子 (キノシタ フローラキヨコ,AOKI-KINOSHITA Kiyoko)

基本情報 研究分野 教育 研究 学内活動 学外活動

 

書籍等出版物
No.タイトル URL, 担当区分, 出版社, 出版年月, 担当範囲, ISBN 
1
Glycoscience : basic science to applications : insights from the Japan consortium for glycobiology and glycotechnology (JCGG) , , Springer, 2019年, , 9789811358555 
2
A Practical Guide to Using Glycomics Databases , , Springer Japan, 2017年, ,  
3
Glycome Informatics - Methods and Applications , , CRC Press, 2013年, , 9781420083347 
4
Bioinformatics for Glycobiology and Glycomics: an Introduction , , Wiley, 2013年, , 9780470016671 
5
Bioinformatics for Systems Biology , , Humana Press, 2013年, , 9781934115022 

 

論文
No.論文タイトル URL, 誌名(出版物名), 巻( 号), 開始ページ- 終了ページ, 出版年月, DOI 
1
Global mapping of glycosylation pathways in human-derived cells. , Developmental cell, ,   , 2021年03月09日, https://doi.org/10.1016/j.devcel.2021.02.023 
2
LM-GlycomeAtlas Ver. 2.0: An Integrated Visualization for Lectin Microarray-based Mouse Tissue Glycome Mapping Data with Lectin Histochemistry. , Journal of proteome research, 20( 4), 2069- 2075, 2021年03月04日, https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.0c00907 
3
Enhanced validation of small-molecule ligands and carbohydrates in the Protein Data Bank. , Structure (London, England : 1993), ,   , 2021年03月02日, https://doi.org/10.1016/j.str.2021.02.004 
4
The Glycoconjugate Ontology GlycoCoO for standardizing the annotation of glycoconjugate data and its application. , Glycobiology, ,   , 2021年02月23日, https://doi.org/10.1093/glycob/cwab013 
5
The international glycan repository GlyTouCan version 3.0. , Nucleic acids research, 49( D1), D1529-D1533- , 2021年01月08日, https://doi.org/10.1093/nar/gkaa947 
6
GlycoPOST realizes FAIR principles for glycomics mass spectrometry data. , Nucleic acids research, 49( D1), D1523-D1528- , 2021年01月08日, https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1012 
7
The GlyCosmos Portal: a unified and comprehensive web resource for the glycosciences. , Nature methods, 17( 7), 649- 650, 2020年07月, https://doi.org/10.1038/s41592-020-0879-8 
8
GlyGen data model and processing workflow. , Bioinformatics (Oxford, England), 36( 12), 3941- 3943, 2020年06月01日, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa238 
9
GlyGen: Computational and Informatics Resources for Glycoscience. , Glycobiology, 30( 2), 72- 73, 2020年01月28日, https://doi.org/10.1093/glycob/cwz080 
10
The GlySpace Alliance: toward a collaborative global glycoinformatics community. , Glycobiology, 30( 2), 70- 71, 2020年01月28日, https://doi.org/10.1093/glycob/cwz078 
11
A consensus-based and readable extension of Linear Code for Reaction Rules (LiCoRR). , Beilstein journal of organic chemistry, 16,  2645- 2662, 2020年, https://doi.org/10.3762/bjoc.16.215 
12
BioHackathon series in 2013 and 2014: improvements of semantic interoperability in life science data and services , F1000Research, 8,  1677- , 2019年09月, https://doi.org/10.12688/f1000research.18238.1 
13
Updates to the Symbol Nomenclature for Glycans guidelines. , Glycobiology, 29( 9), 620- 624, 2019年08月20日, https://doi.org/10.1093/glycob/cwz045 
14
LM-GlycomeAtlas Ver. 1.0: A Novel Visualization Tool for Lectin Microarray-Based Glycomic Profiles of Mouse Tissue Sections. , Molecules (Basel, Switzerland), 24( 16), 2962- , 2019年08月15日, https://doi.org/10.3390/molecules24162962 
15
Towards a standardized bioinformatics infrastructure for N- and O-glycomics. , Nature communications, 10( 1), 3275- 3275, 2019年07月22日, https://doi.org/10.1038/s41467-019-11131-x 
16
GlycanFormatConverter: a conversion tool for translating the complexities of glycans. , Bioinformatics (Oxford, England), 35( 14), 2434- 2440, 2019年07月15日, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty990 
17
GlycoNAVI: - GlycoAbun - Abundance Ratio of Glycans , GLYCOBIOLOGY, 28( 12), 1067- , 2018年12月,  
18
A new version of GlycanBuilder that handles a wider range of glycan structures , GLYCOBIOLOGY, 28( 12), 1077- 1078, 2018年12月,  
19
The GlyCosmos Web Portal: glycan structures, glycogenes, glycoproteins, pathways, diseases and more! , GLYCOBIOLOGY, 28( 12), 1070- 1071, 2018年12月,  
20
Systems glycomics of adult zebrafish identifies organ-specific sialylation and glycosylation patterns. , Nature communications, 9( 1), 4647- 4647, 2018年11月07日, https://doi.org/10.1038/s41467-018-06950-3 
21
MCAW-DB: A glycan profile database capturing the ambiguity of glycan recognition patterns. , Carbohydrate research, 464,  44- 56, 2018年07月15日, https://doi.org/10.1016/j.carres.2018.05.003 
22
Analyzing Glycan-Binding Profiles Using Weighted Multiple Alignment of Trees. , Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 1807,  131- 140, 2018年, https://doi.org/10.1007/978-1-4939-8561-6_10 
23
Integration of Glycoscience Data in GlyCosmos Using Semantic Web Technologies , GLYCOBIOLOGY, 27( 12), 1206- , 2017年12月,  
24
GlyTouCan: an accessible glycan structure repository. , Glycobiology, 27( 10), 915- 919, 2017年10月01日, https://doi.org/10.1093/glycob/cwx066 
25
Implementation of GlycanBuilder to draw a wide variety of ambiguous glycans. , Carbohydrate research, 445,  104- 116, 2017年06月05日, https://doi.org/10.1016/j.carres.2017.04.015 
26
Development and application of an algorithm to compute weighted multiple glycan alignments. , Bioinformatics (Oxford, England), 33( 9), 1317- 1323, 2017年05月01日, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw827 
27
WURCS 2.0 Update To Encapsulate Ambiguous Carbohydrate Structures. , Journal of chemical information and modeling, 57( 4), 632- 637, 2017年04月24日, https://doi.org/10.1021/acs.jcim.6b00650 
28
The minimum information required for a glycomics experiment (MIRAGE) project: improving the standards for reporting glycan microarray-based data. , Glycobiology, 27( 4), 280- 284, 2017年04月, https://doi.org/10.1093/glycob/cww118 
29
GlycoGene Database (GGDB) on the semantic web , A practical guide to using glycomics databases, ,  163- 175, 2017年, https://doi.org/10.1007/978-4-431-56454-6_8 
30
Semantic Web Technologies for Integrating Glycan-related Databases in GlyTouCan , GLYCOBIOLOGY, 26( 12), 1454- 1455, 2016年12月,  
31
The Glycome Analytics Platform: an integrative framework for glycobioinformatics , BIOINFORMATICS, 32( 19), 3005- 3011, 2016年10月, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw341 
32
The minimum information required for a glycomics experiment (MIRAGE) project: sample preparation guidelines for reliable reporting of glycomics datasets , GLYCOBIOLOGY, 26( 9), 907- 910, 2016年09月, https://doi.org/10.1093/glycob/cww082 
33
Comprehensive analysis of the N-glycan biosynthetic pathway using bioinformatics to generate UniCorn: A theoretical N-glycan structure database , CARBOHYDRATE RESEARCH, 431,  56- 63, 2016年08月, https://doi.org/10.1016/j.carres.2016.05.012 
34
A systematic framework to derive N-glycan biosynthesis process and the automated construction of glycosylation networks , BMC BIOINFORMATICS, 17,  240- , 2016年07月, https://doi.org/10.1186/s12859-016-1094-6 
35
GlyTouCan international glycan structure repository using semantic web technologies , ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 251,   , 2016年03月13日,  
36
GlyTouCan 1.0-The international glycan structure repository , NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 44( D1), D1237- D1242, 2016年01月, https://doi.org/10.1093/nar/gkv1041 
37
Symbol Nomenclature for Graphical Representations of Glycans , GLYCOBIOLOGY, 25( 12), 1323- 1324, 2015年12月, https://doi.org/10.1093/glycob/cwv091 
38
The Official Release of the International Glycan Structure Repository , GLYCOBIOLOGY, 25( 11), 1279- 1280, 2015年11月,  
39
A substructure search method for carbohydrate structures based on the WURCS notation using Semantic Web technology , GLYCOBIOLOGY, 25( 11), 1276- 1276, 2015年11月,  
40
2nd FCCA Symposium/Annual Forum for Young Glyco-Scientists 2015 , TRENDS IN GLYCOSCIENCE AND GLYCOTECHNOLOGY, 27( 158), E63- E64, 2015年11月, https://doi.org/10.4052/tigg.1515.5E 
41
Phenotype-based clustering of glycosylation-related genes by RNAi-mediated gene silencing , GENES TO CELLS, 20( 6), 521- 542, 2015年06月, https://doi.org/10.1111/gtc.12246 
42
On using physico-chemical properties of amino acids in string kernels for protein classification via support vector machines , JOURNAL OF SYSTEMS SCIENCE & COMPLEXITY, 28( 2), 504- 516, 2015年04月, https://doi.org/10.1007/s11424-015-2156-y 
43
GlycoRDF: an ontology to standardize glycomics data in RDF , BIOINFORMATICS, 31( 6), 919- 925, 2015年03月, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu732 
44
Glycoinformatics: Overview , Glycoscience: Biology and Medicine, ,  185- 192, 2015年01月01日, https://doi.org/10.1007/978-4-431-54841-6_17 
45
Rings , Glycoscience: Biology and Medicine, ,  201- 207, 2015年01月01日, https://doi.org/10.1007/978-4-431-54841-6_19 
46
Implementation of linked data in the life sciences at BioHackathon 2011 , JOURNAL OF BIOMEDICAL SEMANTICS, 6,   , 2015年01月, https://doi.org/10.1186/2041-1480-6-3 
47
The Lectin Frontier Database (LfDB), and Data Generation Based on Frontal Affinity Chromatography , MOLECULES, 20( 1), 951- 973, 2015年01月, https://doi.org/10.3390/molecules20010951 
48
Glycoinformatics , , ,  667- 679, 2015年, https://doi.org/10.1101/glycobiology.3e.052 
49
WURCS: Web3 Unique Representation of Carbohydrate Structures for Semantic Web , GLYCOBIOLOGY, 24( 11), 1163- 1163, 2014年11月,  
50
UniCarbKB: a glycobioinformatics infrastructure for data discovery using semantics , GLYCOBIOLOGY, 24( 11), 1168- 1168, 2014年11月,  
51
Potential for using lectin sugar chains as diagnostic markers in oral precancerous lesions , GLYCOBIOLOGY, 24( 11), 1214- 1215, 2014年11月,  
52
Next JCGGDB Plan for Semantic Web , GLYCOBIOLOGY, 24( 11), 1166- 1167, 2014年11月,  
53
Development of an International Glycan Structure Repository , GLYCOBIOLOGY, 24( 11), 1106- 1106, 2014年11月,  
54
Comprehensive analysis of the N-glycan biosynthetic pathway using bioinformatics , GLYCOBIOLOGY, 24( 11), 1163- 1163, 2014年11月,  
55
Knowledge discovery for pancreatic cancer using inductive logic programming , IET SYSTEMS BIOLOGY, 8( 4), 162- 168, 2014年08月, https://doi.org/10.1049/iet-syb.2013.0044 
56
Trends and Future Perspectives for Glycoinformatics , TRENDS IN GLYCOSCIENCE AND GLYCOTECHNOLOGY, 26( 150), 89- 97, 2014年07月, https://doi.org/10.4052/tigg.26.89 
57
WURCS: The Web3 Unique Representation of Carbohydrate Structures , JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, 54( 6), 1558- 1566, 2014年06月, https://doi.org/10.1021/ci400571e 
58
MIRAGE: The minimum information required for a glycomics experiment , GLYCOBIOLOGY, 24( 5), 402- 406, 2014年05月, https://doi.org/10.1093/glycob/cwu018 
59
Frequent glycan structure mining of influenza virus data revealed a sulfated glycan motif that increased viral infection , BIOINFORMATICS, 30( 5), 706- 711, 2014年03月, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt573 
60
Toolboxes for a standardised and systematic study of glycans , BMC BIOINFORMATICS, 15,   , 2014年01月, https://doi.org/10.1186/1471-2105-15-S1-S9 
61
UniCarbKB: building a knowledge platform for glycoproteomics , NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 42( D1), D215- D221, 2014年01月, https://doi.org/10.1093/nar/gkt1128 
62
BioHackathon series in 2011 and 2012: penetration of ontology and linked data in life science domains. , Journal of Biomedical Semantics, 5,   , 2014年, https://doi.org/10.1186/2041-1480-5-5 
63
The Fifth ACGG-DB Meeting Report: Towards an International Glycan Structure Repository , GLYCOBIOLOGY, 23( 12), 1422- 1424, 2013年12月, https://doi.org/10.1093/glycob/cwt084 
64
The GlycomeAtlas tool to aid in the visualization of glycan structure expression in human and mouse , GLYCOBIOLOGY, 23( 11), 1358- 1359, 2013年11月,  
65
Introducing glycomics data into the Semantic Web , JOURNAL OF BIOMEDICAL SEMANTICS, 4,   , 2013年11月, https://doi.org/10.1186/2041-1480-4-39 
66
Using Databases and Web Resources for Glycomics Research , MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, 12( 4), 1036- 1045, 2013年04月, https://doi.org/10.1074/mcp.R112.026252 
67
The Third ACGG-DB Meeting Report: Towards an international collaborative infrastructure for glycobioinformatics , GLYCOBIOLOGY, 23( 2), 144- 146, 2013年02月, https://doi.org/10.1093/glycob/cws167 
68
A Web tool for visualizing common patterns among glycans , Glycobiology, 23( 11), 1359- , 2013年,  
69
Modeling genetic regulatory networks: a delay discrete dynamical model approach , JOURNAL OF SYSTEMS SCIENCE & COMPLEXITY, 25( 6), 1052- 1067, 2012年12月, https://doi.org/10.1007/s11424-012-0283-2 
70
The GlycomeAtlas tool for visualizing and querying glycome data , BIOINFORMATICS, 28( 21), 2849- 2850, 2012年11月, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts516 
71
Identification of Proteasome Components Required for Apical Localization of Chaoptin Using Functional Genomics , JOURNAL OF NEUROGENETICS, 26( 1), 53- 63, 2012年03月, https://doi.org/10.3109/01677063.2012.661497 
72
Multiple Tree Alignment with Weights Applied to Carbohydrates to Extract Binding Recognition Patterns , PATTERN RECOGNITION IN BIOINFORMATICS, 7632,  49- 58, 2012年,  
73
UniCarbKB: Putting the pieces together for glycomics research , PROTEOMICS, 11( 21), 4117- 4121, 2011年11月, https://doi.org/10.1002/pmic.201100302 
74
The 2nd DBCLS BioHackathon: interoperable bioinformatics Web services for integrated applications. , Journal of biomedical semantics, 2,  4- 4, 2011年08月02日, https://doi.org/10.1186/2041-1480-2-4 
75
Informatics for Glycobiology and Glycomics , Carbohydrate Recognition: Biological Problems, Methods, and Applications, ,  409- 426, 2011年07月07日, https://doi.org/10.1002/9781118017586.ch16 
76
The DBCLS BioHackathon: standardization and interoperability for bioinformatics web services and workflows , Journal of biomedical semantics 1 (1), 8, 1( 1), 1- 19, 2010年12月,  
77
Identification of Genes Required for Neural-Specific Glycosylation Using Functional Genomics , PLOS GENETICS, 6( 12),  , 2010年12月, https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1001254 
78
Experimental Data Management System for Practical Data Mining of Glycan Structures , GLYCOBIOLOGY, 20( 11), 1469- 1469, 2010年11月,  
79
The DBCLS BioHackathon: standardization and interoperability for bioinformatics web services and workflows. The DBCLS BioHackathon Consortium*. , Journal of biomedical semantics, 1( 1), 8- 8, 2010年08月21日, https://doi.org/10.1186/2041-1480-1-8 
80
The RINGS Resource for Glycome Informatics Analysis and Data Mining on the Web , OMICS-A JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY, 14( 4), 475- 486, 2010年08月, https://doi.org/10.1089/omi.2009.0129 
81
A weighted q-gram method for glycan structure classification , BMC BIOINFORMATICS, 11,   , 2010年, https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-S1-S33 
82
Support Vector Machine methods for the prediction of cancer growth , 3rd International Joint Conference on Computational Sciences and Optimization, CSO 2010: Theoretical Development and Engineering Practice, 1,  229- 232, 2010年, https://doi.org/10.1109/CSO.2010.70 
83
Delay Discrete Dynamical Models for Genetic Regulatory Networks , COMPUTATIONAL SYSTEMS BIOLOGY, 13,  93- +, 2010年,  
84
Bioinformatics Analysis of Glycan Structures from a Genomic Perspective , Bioinformatics for Glycobiology and Glycomics: An Introduction, ,  125- 141, 2009年11月13日, https://doi.org/10.1002/9780470029619.ch7 
85
Using KEGG in the transition from genomics to chemical genomics , Bioinformatics for Systems Biology, ,  437- 452, 2009年, https://doi.org/10.1007/978-1-59745-440-7_23 
86
The RINGS Resource for Glycome Analysis , GLYCOBIOLOGY, 18( 11), 972- 972, 2008年11月,  
87
Using glycome databases for drug discovery , EXPERT OPINION ON DRUG DISCOVERY, 3( 8), 877- 890, 2008年08月, https://doi.org/10.1517/17460440802291852 
88
An introduction to bioinformatics for glycomics research , PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, 4( 5),  , 2008年05月, https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000075 
89
Frontiers in glycomics: Bioinformatics and biomarkers in disease - An NIH White Paper prepared from discussions by the focus groups at a workshop on the NIH campus, Bethesda MD (September 11-13,2006) , PROTEOMICS, 8( 1), 8- 20, 2008年01月, https://doi.org/10.1002/pmic.200700917 
90
An efficient unordered tree kernel and its application to glycan classification , ADVANCES IN KNOWLEDGE DISCOVERY AND DATA MINING, PROCEEDINGS, 5012,  184- +, 2008年,  
91
A spectrum tree kernel , Transactions of the Japanese Society for Artificial Intelligence, 22( 2), 140- 147, 2007年, https://doi.org/10.1527/tjsai.22.140 
92
Bioinformatics approaches in glycomics and drug discovery , CURRENT OPINION IN MOLECULAR THERAPEUTICS, 8( 6), 514- 520, 2006年12月,  
93
RINGS: Resource for Informatics of Glycans at Soka , GLYCOBIOLOGY, 16( 11), 1136- 1136, 2006年11月,  
94
ProfilePSTMM: capturing tree-structure motifs in carbohydrate sugar chains , BIOINFORMATICS, 22( 14), E25- E34, 2006年07月, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl244 
95
Improving MHC binding peptide prediction by incorporating binding data of auxiliary MHC molecules , BIOINFORMATICS, 22( 13), 1648- 1655, 2006年07月, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl141 
96
KEGG as a glycome informatics resource , GLYCOBIOLOGY, 16( 5), 63R- 70R, 2006年05月, https://doi.org/10.1093/glycob/cwj010 
97
From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG , NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 34,  D354- D357, 2006年01月, https://doi.org/10.1093/nar/gkj102 
98
Overview of KEGG applications to omics-related research , JOURNAL OF PESTICIDE SCIENCE, 31( 3), 296- 299, 2006年, https://doi.org/10.1584/jpestics.31.296 
99
A 6-approximation algorithm for computing smallest common AoN-supertree with application to the reconstruction of glycan trees , ALGORITHMS AND COMPUTATION, PROCEEDINGS, 4288,  100- 110, 2006年,  
100
A probabilistic model for mining labeled ordered trees: Capturing patterns in carbohydrate sugar chains , IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 17( 8), 1051- 1064, 2005年08月, https://doi.org/10.1109/TKDE.2005.117 

 

MISC
No.MISCタイトル URL, 誌名, 巻( 号), 開始ページ- 終了ページ, 出版年月(日) 
1
クローズアップ実験法 series331「GlyCosmos」利用ガイド~糖鎖の何がわかる?何ができる? , 実験医学, 39( 3),  , 2021年 
2
The GlyCosmos portal as a partner in the GlySpace Alliance to provide access to integrated glycan-related data resources , GLYCOBIOLOGY, 30( 12), 1023- 1023, 2020年12月 
3
Human Glycomeがもたらす未来 糖鎖インフォマティクスの世界統合 , 生化学, 92( 3),  , 2020年 
4
Notation for identification of glycans contained in glycoproteins, glycolipids, and other biomolecular structure data , ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 258,   , 2019年08月 
5
Glycoscience: Basic science to applications: Insights from the Japan consortium for glycobiology and glycotechnology (JCGG) , Glycoscience: Basic Science to Applications: Insights from the Japan Consortium for Glycobiology and Glycotechnology (JCGG), ,  1- 405, 2019年01月01日 
6
GlycoNAVI:蛋白質の糖鎖修飾・結合部位 , 日本細胞生物学会大会(Web), 71st,   , 2019年 
7
糖鎖合成シミュレーション解析のためのウェブツール「GlycoSim」の開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 38th,   , 2019年 
8
プロテオームおよび糖鎖関連の質量分析データリポジトリの開発 , 質量分析総合討論会講演要旨集, 67th,   , 2019年 
9
糖鎖アレイ実験データを解析した結果のMCAW-DBデータベース構築 , 日本糖質学会年会要旨集, 38th,   , 2019年 
10
糖鎖科学ポータルGlyCosmos , 日本糖質学会年会要旨集, 38th,   , 2019年 
11
WURCS形式を標準化するための変換ツールGlycanFormatConverter , 日本糖質学会年会要旨集, 38th,   , 2019年 
12
E.coli O-抗原のRDF化による生合成パスウェイデータの統合 , 日本糖質学会年会要旨集, 38th,   , 2019年 
13
糖鎖リプログラミングを目指した糖鎖合成・代謝経路の可視化 , 日本糖質学会年会要旨集, 38th,   , 2019年 
14
糖鎖科学ポータルGlyCosmosを通した国際的なライフサイエンスデータベースの統合化を目指して , 日本糖質学会年会要旨集, 37th,  98- , 2018年 
15
ショウジョウバエのN型糖鎖合成経路の再現とノックアウトシミュレーション , 日本糖質学会年会要旨集, 37th,   , 2018年 
16
シアル酸ファミリーの多様性を基にした曖昧構造のWURCS表記法に関する研究 , 日本糖質学会年会要旨集, 37th,   , 2018年 
17
糖鎖科学ポータルの開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 37th,   , 2018年 
18
Total Glycome Databaseの構築 , 日本生化学会大会(Web), 91st,   , 2018年 
19
Total Glycome Database:オミックスという視点による糖鎖データベース , 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 41st,   , 2018年 
20
糖鎖機能解明を指向した糖鎖インフォマティクスの研究:データベース統合からシミュレーションまで , 糖鎖科学コンソーシアムシンポジウム 第16回糖鎖研究と他領域との統合 糖鎖研究の新たなレシピ 平成30年, ,   , 2018年 
21
グライコプロテオミクスに基づく疾患特異的分子探索のためのウェブシステム開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 37th,   , 2018年 
22
糖鎖関連生命情報を統合化するGlyCosmos Portalの構築 , 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 41st,  ROMBUNNO.1PW2‐09‐2 (WEB ONLY)- , 2018年 
23
糖鎖科学ポータル-糖鎖化学構造によるライフサイエンスデータベースの統合化 , 日本糖質学会年会要旨集, 37th,  99- , 2018年 
24
ショウジョウバエの糖鎖合成パスウェイシミュレーション , 日本生化学会大会(Web), 90th,   , 2017年 
25
NeurosporaのN型糖鎖生合成シミュレーション解析 , 日本生化学会大会(Web), 90th,   , 2017年 
26
糖鎖科学ポータルサイトGlyCosmosにおける糖鎖立体構造 , 日本生化学会大会(Web), 90th,   , 2017年 
27
糖鎖科学ポータルの基盤となる糖鎖表記法の開発とデータベース連携 , ケモインフォマティクス討論会予稿集(Web), 40th,  ROMBUNNO.O2(J‐STAGE)- , 2017年 
28
糖鎖がついにわかる!狙える!糖鎖関連データベース標準化の国際動向と医療応用 , 実験医学, 35( 9),  , 2017年 
29
糖鎖アラインメントツールを用いたGBPによる糖鎖認識部位の解析 , 日本糖質学会年会要旨集, 36th,   , 2017年 
30
RINGSツールのHTML5を用いた開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 36th,   , 2017年 
31
Development of a tool for extracting common glycan patterns recognized by avian influenza A virus. , GLYCOBIOLOGY, 26( 12), 1459- 1459, 2016年12月 
32
国際糖鎖構造リポジトリGlyTouCanの新バージョンToco , 日本糖質学会年会要旨集, 35th,  72‐73- , 2016年 
33
JCGGDBのセマンティックウェブ化に伴う検索の高機能化と新しいグライコフォームのデータベース , 日本糖質学会年会要旨集, 35th,  168- , 2016年 
34
GlyTouCanの糖鎖関係情報を可視化するウェブツールの開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 35th,   , 2016年 
35
GlycanBuilderにおけるWURCS入出力ユーティリティの実装 , 日本糖質学会年会要旨集, 35th,   , 2016年 
36
糖鎖関連の遺伝性疾患と原因遺伝子に関する知識ベースの開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 35th,   , 2016年 
37
糖鎖解析のためのウェブリソースRINGSの拡張 , 日本糖質学会年会要旨集, 35th,   , 2016年 
38
ショウジョウバエ糖鎖関連データベースにおけるSemantic Webの活用 , 日本糖質学会年会要旨集, 35th,   , 2016年 
39
木編集距離を用いた糖鎖の多重配列アラインメントツールの開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 35th,   , 2016年 
40
ヒトH1インフルエンザウイルスは6硫酸化糖鎖構造をレセプターとするか? , 日本糖質学会年会要旨集, 34th,   , 2015年 
41
グライコフォームのデータベースとセマンティックウェブ化 , 日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2015 (Web),   , 2015年 
42
HUPO-PSIに基づいた糖鎖の質量分析データの標準形式の提案 , 日本糖質学会年会要旨集, 34th,   , 2015年 
43
アグリコンを含む糖質構造の表記法 , 日本糖質学会年会要旨集, 34th,   , 2015年 
44
炭素鎖表現の系統化に基づく単糖および糖鎖構造の包摂関係表現 , 日本糖質学会年会要旨集, 34th,   , 2015年 
45
糖鎖関連の遺伝性疾患と感染症に関するオントロジーとユーザインタフェースの開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 34th,   , 2015年 
46
糖鎖関連情報活用に向けたGlycomeAtlasの機能拡張 , 日本糖質学会年会要旨集, 34th,   , 2015年 
47
GlycoProtDBのセマンティックWEBへの対応と更新システムの開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 34th,   , 2015年 
48
GlycanBuilderにおけるWURCS変換ツールの実装 , 日本糖質学会年会要旨集, 34th,  200- , 2015年 
49
グライコフォームのデータベースとセマンティックウェブ化 , 日本糖質学会年会要旨集, 34th,  208- , 2015年 
50
JCGGDBおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発 , 日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集, 2014 (Web)( 0), 27- 27, 2014年 
51
バイオインフォマティクスを用いたN型糖鎖合成経路の包括的解析 , 日本糖質学会年会要旨集, 33rd,   , 2014年 
52
糖鎖構造表記法の国際標準化 , 日本糖質学会年会要旨集, 33rd,   , 2014年 
53
GNATを用いた糖鎖パスウェイのシミュレーション , 日本糖質学会年会要旨集, 33rd,   , 2014年 
54
国際糖鎖構造リポジトリの開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 33rd,  83- , 2014年 
55
GlycoRDF:糖鎖オントロジーによる糖鎖関連データのRDF化 , 日本糖質学会年会要旨集, 33rd,  158- , 2014年 
56
国際標準化糖鎖構造表記法WURCSの開発 , 情報化学討論会講演要旨集(Web), 37th( 0), O10- O10, 2014年 
57
第三の生命鎖に迫る技術革新の最前線 6.バイオインフォマティクス技術の糖鎖科学研究への応用 , 実験医学, 31( 10),  , 2013年 
58
GlycomeAtlas:ヒトとマウスの糖鎖構造発現の可視化ツール , 日本糖質学会年会要旨集, 32nd,   , 2013年 
59
糖鎖アレイデータベースから抽出されたインフルエンザウイルス感染を増強する糖鎖構造 , 日本ウイルス学会学術集会プログラム・抄録集, 61st,  239- , 2013年 
60
グリコサミノグリカンのデータベース及び解析システムの開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 31st,   , 2012年 
61
糖鎖データの標準化に向けた試み , 日本糖質学会年会要旨集, 31st,  87- , 2012年 
62
JCGGDBの活動報告 , 日本糖質学会年会要旨集, 31st,   , 2012年 
63
Glycan Kernel Tool:カーネル法を用いた糖鎖の特徴的構造抽出のためのウェブツール , 日本糖質学会年会要旨集, 31st,   , 2012年 
64
複数の糖鎖構造から特徴を可視化するWebツール開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 31st,   , 2012年 
65
RINGS:グライコームインフォマティクスのためのウェブリソース , 生化学, ,   , 2011年 
66
RINGSにおける糖鎖関連ワークフローの自動構築 , 日本糖質学会年会要旨集, 30th,   , 2011年 
67
グリコサミノグリカンデータベースの開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 30th,   , 2011年 
68
糖鎖が認識されるパターンを予測するツール開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 30th,   , 2011年 
69
カーネル法を用いたバイオマーカー予測のためのツール開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 30th,   , 2011年 
70
Glycan Kernel Toolを用いた糖鎖バイオマーカーの予測 , 生化学, ,   , 2011年 
71
グリコサミノグリカン解析システムの開発 , 生化学, ,   , 2011年 
72
糖鎖関連サービスのワークフロー自動構築と実行 , 生化学, ,   , 2011年 
73
ショウジョウバエの糖鎖関連遺伝子データベース及びホームページの開発 , 生化学, ,   , 2011年 
74
糖鎖関連遺伝子の大規模スクリーニング , 生化学, ,   , 2011年 
75
糖鎖構造解析のウェブリソース開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 30th,   , 2011年 
76
ショウジョウバエの糖鎖関連遺伝子データベースの開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 30th,   , 2011年 
77
糖鎖認識部位のプロファイル予測のためのツール開発 , 生化学, ,   , 2011年 
78
日本糖鎖科学コンソーシアムのデータベース , 生化学, ,   , 2009年 
79
日本糖鎖科学コンソーシアムのデータベース , 日本糖質学会年会要旨集, 29th,   , 2009年 
80
糖鎖機能解析のためのウェブリソース:RINGS , 日本糖質学会年会要旨集, 29th,   , 2009年 
81
確率木モデル; ProfilePSTMMの改良 , 生化学, ,   , 2008年 
82
糖鎖ツリー構造をマイニングするツールの開発 , 生化学, ,   , 2008年 
83
II.新しい糖鎖研究の潮流-4.生物学と化学・情報学の接点-糖鎖構造解析に応用したデータマイニングの技術 , 糖鎖科学コンソーシアムシンポジウム 第6回糖鎖研究と他領域との統合 自由な発想と新しいアプローチに基づく研究 平成20年, ,   , 2008年 
84
糖鎖インフォマティクスの概要 , 生化学, 80( 11),  , 2008年 
85
RINGSにおけるWebサービスの開発 , 生化学, ,   , 2008年 
86
糖鎖バイオマーカー予測のためのカーネル法の開発 , 生化学, ,   , 2008年 
87
糖鎖スコア行列を用いた糖鎖構造解析 , 生化学, ,   , 2008年 
88
ショウジョウバエを用いた糖鎖修飾制御因子のゲノムワイドスクリーニング , 生化学, ,   , 2007年 
89
糖鎖構造のプロファイルによる機能予測ツールの開発 , 日本糖質学会年会要旨集, 27th,   , 2007年 
90
糖鎖構造の分類と機能予測のためのカーネルツール , 日本糖質学会年会要旨集, 27th,   , 2007年 
91
A Spectrum Tree Kernel , Information and Media Technologies, 2( 1), 292- 299, 2007年 
92
糖鎖情報解析のための新しいインフォマティクスリソース:RINGS , 日本糖質学会年会要旨集, 26th,   , 2006年 
93
糖鎖・化合物描画ツールKegDraw , 日本糖質学会年会要旨集, 25th,   , 2005年 
94
〈バイオとエレクトロニクスの融合・接点〉バイオインフォマティクスと応用物理 , 応用物理, 74( 12),  , 2005年 
95
プロファイル確率兄弟依存木マルコフモデルを用いた糖鎖モチーフの効率的な検出 , 日本糖質学会年会要旨集, 25th,   , 2005年 

 

講演・口頭発表等
No.講演・口頭発表タイトル, 会議名, 発表年月日, 主催者, 開催地 
1
Introduction to GlyCosmos, SIB Training Course, 2021年05月11日, ,  
2
ニューラルネットワークによる糖タンパク質からの遺伝子変異量予測, 情報処理学会第83回全国大会, 2021年03月19日, ,  
3
糖鎖情報を組み込んだニューラルネットワークによる薬剤とタンパク質の相互作用予測, 情報処理学会第83回全国大会, 2021年03月19日, ,  
4
糖鎖関連データベース(GlyCosmosなど), AJACSオンライン4「配列以外の分子情報を検索する」, 2020年12月09日, ,  
5
糖鎖とプロテオミクスの融合を目指すGlyCosmos Portal, 第43回日本分子生物学会年会, 2020年12月04日, ,  
6
糖鎖科学ポータルGlyCosmosの最新情報, 第43回日本分子生物学会年会, 2020年12月02日, ,  
7
The Repositories in the GlyCosmos Glycoscience Portal, INNOGLY virtual training in glycoanalysis and glycoinformatics, 2020年11月03日, ,  
8
The GlyCosmos Glycoscience Portal: integrating glycan-related omics data, Chinese Glycobiology Meeting, 2020年09月20日, ,  
9
The GlyCosmos Portal, 11th MIRAGE Meeting, 2020年08月25日, ,  
10
Introducing GlycoSim for online simulataions of glycan biosynthesis processes, GlycoT 2020, 2020年06月22日, ,  

 

共同研究・競争的資金等の研究課題
No.提供機関, 制度名, 課題名等, 資金種別, 研究期間 
1
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 基盤研究(C), 質量分析イメージング解析による口腔粘膜前癌病変の糖鎖構造プロファイル, ,  2018年04月 - 2021年03月 
2
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 基盤研究(C), 糖鎖機能解明のための機械学習モデル開発及び糖鎖プロファイルデータベースの構築, ,  2014年04月 - 2017年03月 
3
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 基盤研究(C), 口腔前癌病変に対する新規グライコバイオマーカーの確立, ,  2013年04月 - 2017年03月 
4
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究, ウィルスとの結合親和性データからの糖鎖プロファイルの抽出, ,  2009年 - 2010年 
5
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 特定領域研究, 木確率モデルを用いた知識発見よりのタンパク質の糖鎖認識部位予測, ,  2008年 - 2009年 
6
, , 糖鎖の機能解明のための糖鎖インフォマティクスリソースの開発, 競争的資金,  2008年 - 2011年 
7
, , Development of a glycome informatics resource to reveal glycan function, 競争的資金,  2008年 - 2011年 
8
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 若手研究(A), 糖鎖機能解明のためのウェブリソースの構築, ,  2008年 - 2010年 

 

研究プロジェクトへの参加
No.プロジェクト名, 参加開始年月 
1
ヒューマングライコームプロジェクト,  2020年04月 - 2024年03月